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安曇野市のすべての河川は犀川に合流しています。これらの河川の上流域にあたる渓流は、ムカシヤンマやニッコウイワナなどの水生生物の重要な生息地になっています。
平野部の湧水地帯には多くの水生生物が生息・生育しています。三川合流部周辺の河川や水路を観察していると、川底から小さな水泡が湧きあがっているところ、川の流れとは異なる水の揺らぎが見えるところがあり、水が湧き出しているのがわかります。湧水は年間を通じて水温がほぼ一定であり、水量や水質も安定してます。このため多くの水生の動植物を育む環境となっています。